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为了得到产柠檬酸的优良，柠檬酸批发，通常是从不同地区采集的土壤或从腐烂的水果中分离筛选，然后通过物理和化学方法进行选育。例如薯干粉深层发酵柠檬酸的就是通过柠檬酸不断变异和选育得到的。适合在高浓度下发酵，产酸水平较高。

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中国石油发酵柠檬酸的研究起步较早。1970年，天津、上海、沈阳、常州等地研究单位利用解脂假丝酵母（candida lipolytica)进行石蜡油（正构烷烃）发酵生产柠檬酸的试验。1979年徐子渊等筛选出一株对氟乙suan敏感的变异株解脂假丝酵母，柠檬酸厂家，其乌头酸水合酶的活性很低，柠檬酸的生成比例从原来的50%提高至80%，从而提高了石油发酵柠檬酸的产率。

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提取

在柠檬酸发酵液中，除了主要产物外，还含有其他代谢产物和一些杂质，如草酸、葡萄糖酸、蛋白质、胶体物质等，成分十分复杂，必须通过物理和化学方法将柠檬酸提取出来。大多数工厂仍是采用碳酸钙中和及硫酸酸解的工艺提取柠檬酸。除此之外，还研究成功用萃取法、电渗析法和离子交换法提取柠檬酸。